مؤسسه آموزش عالی حوزوی ائمه اطهار(ع) از سال ۱۳۹۴ و با مجوز مرکز مدیریت حوزه علمیه خراسان به همت استاد محمدجواد فاضل لنکرانی آغاز به کار کرد. این مرکز در ابتدا با نام مرکز تخصصی مطالعات تطبیقی مذاهب اسلامی شناخته می‌شد. هدف اصلی آن تربیت متکلمان اسلامی و تقویت همگرایی اسلامی و نقد علمی اندیشه‌های سلفی و تکفیری است. مؤسسه در مقاطع سطح سه و چهار، فعالیت دارد و تمرکز خود را بر آموزش، پژوهش و فعالیت‌های فرهنگی‌ـ‌تبلیغی قرار داده است. این مرکز با تکیه بر میراث علمی اهل‌بیت(ع) تلاش می‌کند دفاعی معقول، منصفانه و روزآمد از باورهای مکتب امامیه ارائه دهد.
