مدرسه علمیه عالی نواب به‌عنوان نخستین مدرسه تخصصی حوزه علمیه خراسان، از سال ۱۳۸۱ با سه رشته کلام اسلامی، ادبیات عرب و فقه و اصول فعالیت خود را آغاز کرده و با هدف تربیت طلاب توانمند در ابعاد آموزشی، پژوهشی، فرهنگی و اخلاقی فعالیت می‌کند.

فعالیت‌های این مدرسه شامل برگزاری نشست‌های علمی و تخصصی (مانند نشست‌های روان‌شناسی اسلامی، فرزندپروری مدرن، نظریه پولطلا و فنون دادخواست‌نویسی)، کرسی‌های علمی ترویجی، مراسم‌های رسمی مانند آیین افتتاحیه سال تحصیلی، برنامه‌های آموزشی و تربیتی نظیر طرح ورثة‌الانبیاء، فعالیت‌های فرهنگی و مذهبی همچون برپایی خیمه حضرت زهرا(س) و نیز انتشار اخبار، گزارش‌ها و تازه‌های علمی است. همچنین، پذیرش و آموزش طلاب در رشته‌های تخصصی و برگزاری جلسات دفاع پایان‌نامه از فعالیت‌های اصلی این مرکز به شمار می‌رود.